Domenech-Mateu Collection Embryos: Difference between revisions
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# Scan Log - Fill in the scan log with: Embryo number, Scan Date, and Slide Number for each tray before loading scanner. Add any special information to this log (sections out of order, broken slide, faded stain, sections near edge). | # Scan Log - Fill in the scan log with: Embryo number, Scan Date, and Slide Number for each tray before loading scanner. Add any special information to this log (sections out of order, broken slide, faded stain, sections near edge). | ||
# Slide Photocopy - the slides are first mounted in the holders "upside down" (rotate 180 degrees) compared to photocopy sheets (see the images below). Turn the Slide photocopy catalogue upside down to get correct Scan Direction | # Slide Photocopy - the slides are first mounted in the holders "upside down" (rotate 180 degrees) compared to photocopy sheets (see the images below). Turn the Slide photocopy catalogue upside down to get correct Scan Direction | ||
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Revision as of 20:54, 1 October 2019
Introduction
Please note that this current page is working page, designed to aid the collection scanning process and will be simplified at a later date to contain only the catalogue with direct links to the online DEC database.
DEC Users in the tables below clicking the embryo number will take you to the embryo template folder in the DEC database.
- Full Collection = 203 Specimens Total Slides = 9100 Total Sections = 114425
- Total Embryos = 114 Total Slides = 3810 Total Sections = 104072
- Total Fetuses (Approximate) = 89 Total Number of Slides = 5290 Total number of Sections = 10353
General Scanning Notes
Tray 7 - Do Not Use this Tray
- not loading correctly, if slides loaded in this tray, scanner will potentially jam.
Tray 3,4,5 - did not detect both slides, yet worked the next day? Appears to not be trays but slide holder marked with red sticker.
Image Coding
Full Collection = 203 Specimens Total Slides = 9100 Total Sections = 114425
Embryo image file example: UAB-E25-003-2
- UAB - identifies collection location
- E25 - identifies New Embryo Reference
- E25B - identifies New Embryo Reference if there is a "B" series.
- 003 - identifies Slide number (note 3 digit coding could be used if more than 100 slides)
- 2 - used only if the slide needs scanning to capture sections in label region (close to slide holder).
Fetus image file example: UAB-F25-003-2
- UAB - identifies collection location
- F25 - identifies New Fetus Reference
- 003 - identifies Slide number (note 3 digit coding as these contain more than 100 slides)
- 2 - used only if the slide needs scanning to capture sections in label region (close to slide holder).
- Sections should be scanned in the correct serial sequence
- This will be "upside down" compared to photocopied slide images.
Histology Staining
HE/TA/ identified in table below. Still need to identify V (VOF) and B stain?
Histology Stains - Common Stains and Their Reactions | |||||
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Haematoxylin | mucins - light blue | ||||
Eosin | colloid - pink muscle - red | ||||
Trichrome Azan (Heidenhain's Azan) | muscle - red | ||||
Bielschowsky stain (Bielschowsky's silver stain) | nerve fibers - black |
Step by Step
1. In the Collection Room
- Choose from the printed catalogue or the online catalogue the Embryo or Fetus and find the slide boxes.
- Start with the green then do the orange and finally the red.
- Find the photocopy of the embryo or fetus slides in the folder.
- Remember to first use this photocopy "upside down" when using with the scanner for section numbering.
- Use the "New Reference" number for the embryo or fetus in all scanning and online notes.
- Never use the original reference for scanning.
Now take printed catalogue, slide boxes and photocopy folder to the scanning lab.
2. In the Scanning Lab
Slide Preparation
- Cleaning - should be cleaned with microfibre cloth and/or alcohol swabs.
- Label - the slides with a round sticker identifying embryo. For example embryo E26 slide 1 is labelled ("E26") and slide number ("1"). Do not cover any section with the label.
- Tray - clip the slide carefully in the tray with lobe towards the clip end. Then place in the numbered box on the bench.
- Scan Log - Fill in the scan log with: Embryo number, Scan Date, and Slide Number for each tray before loading scanner. Add any special information to this log (sections out of order, broken slide, faded stain, sections near edge).
- Slide Photocopy - the slides are first mounted in the holders "upside down" (rotate 180 degrees) compared to photocopy sheets (see the images below). Turn the Slide photocopy catalogue upside down to get correct Scan Direction
Slide photocopy | Slide photocopy (rotate 180 degrees) |
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Red Arrow shows embryo number. | Red C shows how the slide is mounted in the scan holder. |
Scan Direction codes:
- RLTB - Right to Left, then Top to Bottom
- LRTB - Left to Right, then Top to Bottom
- TBRL - Top to Bottom, then Right to Left
- TBLR - Top to Bottom, then Left to Right
Scanning
- Find Anna's "how to scan" notes and read all the written procedure BEFORE scanning.
Turn on the scanner | Turn on the computer |
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3. Selecting Regions of Interest (ROIs)
Resetting full slide region:
- After "Preview" open the Slide using "Advanced"
- Use "Back" to reset the full slide region (Red Box) that will be analysed for ROIs.
- Danger of Crush - Do not extend beyond the slide clip region.
- Note this will also reset the "Preview Scan" for that slide, simply repeat "Preview Scan".
ROI's numbering:
- Turn off "Live Update"
- check the numbering sequence as not always correct.
- all ROIs can be renumbered by double clicking the number.
- you cannot use a number greater than the number of regions on the slide.
4. Making Two Copies
Transfer the completed embryo scan folder from Drive D to external HDD.
- Copy to the external UAB HDD (UAB-DMC 1, 2, 3....).
- Copy to the external DEC HDD (UAB-DMC 1, 2, 3....).
- Confirm by opening sample images using ZEN that these copies are OK.
- Only then can the embryo scan folder be deleted from Drive D.
5. Uploading to Database
Upload scans from embryo folder to the DEC Database.
- Use OMERO.insight - (download page) also see help page Importing Data with OMERO.insight
- All collection uploads require database ADMIN access to upload as the User - Rosa Mirapiex.
- Make a new (green) folder in user Rosa Mirapiex for each embryo/fetus (there are examples in the database).
- For correct sorting of folders, numbering should have 3 digits, for example E76 becomes E076.
- Dataset Details - Add Embryo/Fetus information from collection spreadsheet to the folder Dataset Details.
User - Rosa Mirapiex | Dataset Details |
---|---|
Note - Embryo Folder name and Dataset Details should not be changed by other users.
User Comments - If other users want to add a comment there is a separate section for this shown by the red arrow below. Note that you will be identified as the author of the comment and it will be date stamped.
6. Image Analysis
The simplest form of analysis is to find your region of interest (ROI) add a scale bar and export that image to your computer for analysis.
The best form of image analysis uses the direct interaction between FIJI and OMERO database (Using ImageJ with OMERO)
- Using ImageJ with OMERO - This covers all OMERO versions from 5.1.0 and newer and assumes you have never installed ImageJ or Fiji before.
- FIJI Download - Fiji is an image processing package—a "batteries-included" distribution of ImageJ, bundling a lot of plugins which facilitate scientific image analysis.
Embryos
Total Embryos = 114 Total Slides = 3810 Total Sections = 104072
E22
Reference New | Carnegie Stage | Crown-Rump Length (mm) | Age (days) | Section Plane Transverse Frontal Sagittal oblique | Thickness (μm) | Stain (HE/T/A/AT/V/B) | Part of the body | Number of colours | Histology (green/orange/red) | Boxes | Sections | Comments |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
E22 | 16 | 10.0 | 37 | T/O | 10 | HE | Tot | 2 | green-orange | 12 | 622 | Palatal fissure. slide # 7-orange Scanned 16-18 September. |
16-17 September - Embryo used for test scanning.
- Slides 1-4, 7-12 scanned.
E23
Reference New | Carnegie Stage | Crown-Rump Length (mm) | Age (days) | Section Plane Transverse Frontal Sagittal oblique | Thickness (μm) | Stain (HE/T/A/AT/V/B) | Part of the body | Number of colours | Histology (green/orange/red) | Boxes | Sections | Comments |
---|
E24
Reference New | Carnegie Stage | Crown-Rump Length (mm) | Age (days) | Section Plane Transverse Frontal Sagittal oblique | Thickness (μm) | Stain (HE/T/A/AT/V/B) | Part of the body | Number of colours | Histology (green/orange/red) | Boxes | Sections | Thesis (Y) | Comments |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
E24 | 16 | 10.0 | 37 | T | 10 | HE | Tot | 1 | orange | 8 | 427 | Y | slide 3 broken. Scanned 16-18 September. |
16-17 September - Embryo used for test scanning.
- Slides 1,2, 4-8 scanned.
- Slide 3 broken and repaired. Test damaged slide scan.
E25
Reference New | Carnegie Stage | Crown-Rump Length (mm) | Age (days) | Section Plane Transverse Frontal Sagittal oblique | Thickness (μm) | Stain (HE/T/A/AT/V/B) | Part of the body | Number of colours | Histology (green/orange/red) | Boxes | Sections | Thesis | Comments |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
E25 | 16 | 10.0 | 37 | F | 10 | HE | Tot | 1 | green | 11 | 502 | Y | slide 7 trencat. Very good. Scanned 16-18 September. |
30 September - Slide 1 uploaded to database.
17 September - Embryo test scanning of rotated slides.
- Slide 3,4,5,6,9 turned around and missing 2 columns scanned.
- Numbering UAB-E25-3-2.
- Last number indicates that this is the second rotated scan
16-17 September - Embryo used for test scanning.
- Slides 3-6, 8-11 scanned.
- Slide 7 broken - scanned OK included rotation scan.
16 September - Embryo used for test scanning.
- Slides 1 and 2 scanned in actual sectioning series.
- Slide 1 using modified autodetect sections. (total scan time 20 minutes)
- Slide 2 using Boxes. (total scan time 30 minutes)
16 September - Tray 7 loading problem again. Left empty for overnight scan.
E26
Reference New | Carnegie Stage | Crown-Rump Length (mm) | Age (days) | Section Plane Transverse Frontal Sagittal oblique | Thickness (μm) | Stain (HE/T/A/AT/V/B) | Part of the body | Number of colours | Histology (green/orange/red) | Boxes | Sections | Thesis (Y) | Comments |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
E26 | 16 | 10.0 | 37 | T | 10 | HE | Tot | 1 | orange | 23 | 655 | Y | Slide 18 broken. Some fading |
25-26 September - Scan slides.
E27
Reference New | Carnegie Stage | Crown-Rump Length (mm) | Age (days) | Section Plane Transverse Frontal Sagittal oblique | Thickness (μm) | Stain (HE/T/A/AT/V/B) | Part of the body | Number of colours | Histology (green/orange/red) | Boxes | Sections | Thesis (Y) | Comments |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
E27 | 16 | 10.0 | 37 | T/F | 7 | HE | Tot | 1 | orange | 22 | 1107 | Y | En tesis talls F. Molt destenyit |
25 September - Test scan slide 1 and 2. These sections are organised in rows not columns.
E79
Reference New | Carnegie Stage | Crown-Rump Length (mm) | Age (days) | Section Plane Transverse Frontal Sagittal oblique | Thickness (μm) | Stain (HE/T/A/AT/V/B) | Part of the body | Number of colours | Histology (green/orange/red) | Slides | Sections | Thesis (Y) | Comments |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
E79 | 20 | 21.0 | 51 | T | 10 | HE | 1 | green | 45 | 1211 | Y |
27 September - All slides loaded. Scanned 4 of 5 columns. RLTB
E109
Reference New | Carnegie Stage | Crown-Rump Length (mm) | Age (days) | Section Plane Transverse Frontal Sagittal oblique | Thickness (μm) | Stain (HE/T/A/AT/V/B) | Part of the body | Number of colours | Histology (green/orange/red) | Slides | Sections | Thesis (Y) | Comments |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
E109 | 23 | 30.0 | 57 | T/S | 10 | HE/B | Body | 1 | green | 23 | 626 | "slide 9 broken. HEAD: Sag./Biels. BODY: Transv /HE-VOF. En el documento pone 23 slides en caja hay 42. Por el 23 se refiere al BI-1 C" |
First Test Scan
12-13 September - Embryo used for test scanning.
- Slides 1-42 scanned. (more than 14 hours to scan)
- Bottom Top Left Right from late end. Not the that this is opposite to actual sectioning series.
- Position of sections means that not all sections were scanned
- Slides 33-40 - only half section of first column scanned.
- Slides 41,42 - end column of sections completely missing.
13 September - Tray 7 loading problem on second run, OK on first.
19-20 September -
Embryo E109 30 mm (Carnegie Stage 23)
Stage 23 Human Embryo (E109) 30 mm Abdomen (slide 1-17), thorax (slide 17-23), Original name - Bi-1
Slide 1-42
Additional slides Also a "B" series? slide 8 - 23 and 55?
Embryo Catalogue
Total Embryos = 114 Total Slides = 3810 Total Sections = 104072
Domenech-Mateu Collection Embryos | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Total Embryos = 114 Total Slides = 3810 Total Sections = 104072 DEC Links: D-M Collection Embryos | [Template:Domenech-Mateu Collection Embryos table2 D-M Collection Embryos (Catalan)] | Domenech-Mateu Collection Embryology Links: D-M Collection Embryos (Catalan) | D-M Collection Embryos (English) | Collection Domenech-Mateu Collection |
Domenech-Mateu Collection Embryos (sortable table) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Best to sort this table by Histology. Green Embryos = 60 Total Embryos = 114 Total Slides = 3810 Total Sections = 104072
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Total Embryos = 114 Total Slides = 3810 Total Sections = 104072 DEC Links: D-M Collection Embryos | [Template:Domenech-Mateu Collection Embryos table2 D-M Collection Embryos (Catalan)] | Domenech-Mateu Collection Embryology Links: D-M Collection Embryos (Catalan) | D-M Collection Embryos (English) | Collection Domenech-Mateu Collection |
Week: | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 |
Carnegie stage: | 1 2 3 4 | 5 6 | 7 8 9 | 10 11 12 13 | 14 15 | 16 17 | 18 19 | 20 21 22 23 |
Fetuses
F36
17 September - Slides 101-122 (Box D)
18 September - Slides 101-122 (Box D) scanned rotated. (-2)
Fetus | Box | New Reference | Box ref | Crown-Rump Length (mm) | Age (fetuses-weeks) | Section Plane Transverse Frontal Sagittal oblique | Thickness (μm) | Stain (HE/T/A/AT/V/B) | Part of the body | (n° color) | Histology (green/orange/red) | No of Slides | No of sections | Thesis (si/no) | Comments |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
36 | 137 | F36 | A | 58.0 | T/S | 10 | 1 | orange | 100 | ||||||
36 | 138 | F36 | B | 58.0 | T/S | 10 | 1 | orange | 85 | ||||||
36 | 139 | F36 | C | 58.0 | T/S | 10 | 1 | orange | 100 | ||||||
36 | 140 | F36 | D | 58.0 | T/S | 10 | 1 | orange | 22 | Scanned 17-18 September |
F72
CanoScan 9000F Mark II flatbed scan of slide 200.
Original image size: 27.5 Mb, 9600 DPI, 7 x 4.24 cm, 26473 x 16022
Reduced to 1280 width for online (264 Kb).
Small region (W 3000 px) from original scan reduced in size (W 1280 px).
Fetus Catalogue
Approximate Number of Fetuses = 89 Total Number of Slides = 5290 Total number of Sections = 10353
Domenech-Mateu Collection Fetuses | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Approximate Number of Fetuses = 89 Total Number of Slides = 5290 Total number of Sections = 10353 |
Domenech-Mateu Collection Fetuses (sortable table) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Best to sort this table by Histology. Approximate Number of Fetuses = 89 Total Number of Slides = 5290 Total number of Sections = 10353
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